De dijk dankt zijn naam aan Prins Willem III. De verhoging van de bestaande kade tot dijk langs de Enkele Wiericke bleek nodig te zijn omdat de Franse vijand probeerde ook Holland achter de waterlinie onder water te zetten. In 1672 waren de Fransen namelijk met een leger van 120.000 man onze republiek binnengevallen, waar het Staatse leger (genoemd naar de Staten Generaal) van 30.000 man niet tegen opgewassen was. Daarom trok Prins Willem III zich met het leger terug achter de inderhaast aangelegde waterlinie van Muiden tot Gorinchem. Het gebied tussen de Enkele en Dubbele Wiericke, gelegen tussen de Oude Rijn en de Hollandse IJssel, maakte daar een onderdeel van uit. Het vormde zelfs het smalste deel van de linie. Het was de bedoeling ook het gebied ten oosten daarvan, tot aan de Gouwe, onder water te zetten. Daarvan werd echter, door heftig verzet van de boeren, vanaf gezien. Die waren zelfs de stad Gouda binnengedrongen en hadden toen een aantal stadsbestuurders gegijzeld.

Op 1 oktober 1672 werden een aantal boeren en arbeiders door de Fransen gedwongen om de Lekdijk bij Vreeswijk door te steken. Door het afdammen van de Lopikerwetering werd getracht het water uit de Lek in de richting van de beide Wierickes te sturen. Dit gebeurde opzettelijk omdat de prins daarachter in Bodegraven zijn hoofdkwartier had. De prins werd onmiddellijk op de hoogte gesteld van de Franse actie en nodigde op 6 oktober al de dijkgraven van Rijnland, Delfland en Schieland uit om de nodige tegenmaatregelen te nemen. Die hadden uiteraard er alle belang bij dat hun territoria niet onder water zouden lopen. Ze zorgden er dan ook voor dat de kade langs de Enkele Wiericke in korte tijd dusdanig werd verhoogd dat Holland voor overstroming werd gevrijwaard. Verder werd door de Franse actie de waterlinie aanzienlijk verbreed, omdat nu ook het gebied tussen Oudewater en Woerden onder water kwam te staan, ten gunste van de verdediging van Holland! Als bijzonderheid valt verder nog te melden dat het onderhoud van de Prinsendijk nog steeds gebeurt onder verantwoordelijkheid van de drie bovengenoemde hoogheemraadschappen.